Videnskab er i stigende grad datadrevet. Derfor har Københavns Universitet etableret en ny cloud-platform i Microsoft Azure, hvor hastighed, analysekapacitet og skalerbarhed optimerer forskningsindsatser. Første projekt gælder forskning i DNA og stofskifte, mens andre områder vil snart følge.
IT-afdelingen på Københavns Universitet (KU-IT) har skiftet fra en dedikeret on-premise løsning til en hybridmodel med public cloud, og det har medført en række klare fordele, siger Torben Seir Olsen fra KU-IT og teamleder for universitetets CCoE (Cloud Center of Excellence). ”For IT fungerer det hurtigere og mere fleksibelt i cloud. Du skal f.eks. ikke købe nye servere til datacentret og vente på, de bliver leveret og installeret. Med cloud er ressourcer er tilgængelige i løbet af få minutter. Men de vigtigste gevinster er hos vores brugere, forskerne. Cloud’s kvaliteter som hastighed, beregningsfunktionaliteter og automatisering er virkelig værdifulde for forskningsprojekter, der arbejder med store datamængder og skal foretage avancerede analyser.”
Processen startede i efteråret 2022, hvor KU-IT gennemførte en udbudsproces, og vinderen blev Devoteam. ”De havde erfaring fra lignende projekter og var klar til et acceleret forløb på 13-14 uger. Samtidig kunne Devoteam også tilbyde kompetencer inden for andre relevante områder som service management,” forklarer Torben Seir Olsen.
Cloud løfter forskningen til nye højder
Et af de første skridt var at vælge et specifikt forskningsområde, der skulle fungere som forsøgsprojekt for cloudløsningen, og det blev Novo Nordisk Fondens Center for Basic Metabolic Research, CBMR, der bla. forsker i genetik og helbredsspørgsmål relateret til stofskifte. ”CBMR’s arbejde indebærer komplekse udregninger, og de efterspurgte analysekapaciteter med en hastighed, som kun skyen kan tilbyde.”
Cloud er derfor en forudsætning for, at forskningen kan nå nye højder, forklarer Ruth Loos, Professor og Vice Executive Director hos CBMR.
Videnskab er i stigende grad datadrevet. Og ikke blot er mængden af data stigende, det er kompleksiteten også. Vi er ekstremt spændte på at have en cloud-platform her på KU, og dette projekt sørger for, at vi er på forkant af de store opdagelser.
Ruth Loos
Professor og Vice Executive Director hos CBMR.
Første PoC på plads
I januar 2023 var man klar til at formulere et PoC (Proof of Concept). CBMR havde forberedt mulige projekter, og valget faldt på ”Single Cell RNA Sequencing pipeline – differential deployment to CPU and GPU modes,” fordi det var mest repræsentativt ift. andre forskningsmæssige processer, siger Torben Seir Olsen. ”Du opdeler DNA i små bidder og kører en række beregninger efter hinanden, som i en pipeline. Det bliver kørt som Infrastructure as Code, hvor du med scripts, opretter services, netværk og landing zone. Og du kan gentage processen igen og igen. Det overordnede mål har været at migrere CBMR’s on-premise infrastruktur for projekter til en Azure infrastruktur og udnytte stordriftsfordelene i skyen mht. hastighed og kapacitet. Det virker nu, og vi har således et PoC. ”
Næste skridt er at modernisere Single Cell RNA Sequencing pipeline til cloud native og finde flere PoC’s for at udbrede platformen til yderligere forskningsområder. ”Vi har nu meldt ud til organisationen, at efter etablering af platform og den første succesrige PoC vil vi nu fokusere på at udvide kapacitet og kompetencer for at blive klar til at hjælpe andre forskningsenheder med at udnytte skyens kvaliteter.”
Ikke teknik, men engagement og organisation
Gennem hele forløbet har KU-IT fokuseret på løbende inddragelse af interessenter i samtlige forskningsmiljøer på universitet.
Når du introducerer nye løsninger med IT, er det tekniske ofte det mindste af det hele. En af de vigtigste prioriteter er at engagere brugerne. Vi har gjort rigtig meget ud af at involvere folk og arbejde med åbne døre. Det er i vidt omfang lykkedes, er vores vurdering. I hvert fald oplever vi betydelig interesse fra forskere rundt omkring i organisationen
Torben Seir Olsen
Teamleder for universitetets CCoE
En anden prioritet har været organisering af arbejdet, bla. i form af et CCoE. ”Du skal sørge for, at ting som organisation, processer, roller og nye cloudkompetencer er på plads. Vi har lagt vægt på, at vores CCoE er gearet til hver fase af processen, dvs. både de indledende øvelser med etablering af platform og første PoC, men også senere på et mere modent niveau, når flere forskere og projekter kommer ombord.”
Rådgivernes faglige ild
Københavns Universitet har sat stor pris på samarbejdet med Devoteam, siger Torben Seir Olsen.
De har selvfølgelig haft styr på alt det tekniske, men de har også været rigtig gode og behagelige at arbejde sammen med. De lytter til, hvad du siger, og vi har haft en fin dialog. Samtidig har Devoteam også en faglig ild, der brænder. Det er tydeligt, at dette også har været et spændende projekt for dem, og det er selvfølgelig noget, vi tager til os.
Torben Seir Olsen
Teamleder for universitetets CCoE
Om CBMR
Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research blev grundlagt i 2010 som del af Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet på Københavns Universitet. Centret modtog i den forbindelse 885 millioner kroner i støtte fra Novo Nordisk Fonden, som i 2018 donerede yderligere 700 millioner kroner og i 2023 yderligere op til 1 milliard. CBMR’s mission er gennem tværfaglig forskning at opnå en bedre forståelse af mekanismerne i kroppens stofskifte mht. sundhed og sygdomme som grundlag for nye metoder til forebyggelse og behandling. Centret har omkring 350 medarbejdere.